今天去地里干活了，下午7点多才回到学校。所以今天的推文就没有新的学习笔记啦，翻了翻公众号很早之前发过的推文，找出来再重新发一下。

原文地址

https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/circos-plot.html

代码代码语言：javascript复制library(circlize)

library(RColorBrewer)

col<-RColorBrewer::brewer.pal(6,"Paired")

df<-data.frame(chr=sample(c(paste0("chr",1:6)),1000,replace = T),

x=rnorm(1000),

y=rnorm(1000))

head(df)

circos.initialize(factors = df$chr,x=df$x)

circos.trackPlotRegion(factors = df$chr,y=df$y,

panel.fun = function(x,y){

circos.axis()

})

for(i in 1:6){

highlight.sector(sector.index = paste0("chr",i),col=col[i])

circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,

labels = paste0("chr",i),sector.index = paste0("chr",i))

}

circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)

circos.link("chr1",0,"chr2",0)

circos.link("chr4",c(-2,0),"chr3",c(-2,2),col="blue")

circos.link("chr4", c(0, 2), "chr6", c(-2, 0), col = "orange")

circos.link("chr5", c(0, 2), "chr1", c(-2, 2), col = "lightgrey")

circos.clear()

image.png

这里遇到一个问题是

代码语言：javascript复制circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)

circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)

为什么circos.trackPoints(dfchr,dfx,df

CELL_META$xcenter

CELL_META$ycenter

是哪里来的呀？如果我想把文本放在每个单元格的中间是固定用这两个参数就可以吗？

另外的参数

sector.indextrack.index欢迎大家关注我的公众号

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